Центральный экспонат музея — устои Воскресенского моста ХVII — ХVIII веков, который ранее соединял берега реки Неглинки. Построенный во времена Бориса Годунова и засыпанный после пожара 1812 года, Воскресенский мост был свидетелем нескольких эпох жизни города.
Как сообщил мэр Москвы Сергей Собянин Музей археологии был закрыт на капитальный ремонт в сентябре 2012 года. Причиной реконструкции стали серьезные технологические нарушения при строительстве инженерных сетей и коммуникаций.
Сегодня мэр Москвы Сергей Собянин открыл после капитального ремонта подземный Музей археологии Москвы на Манежной площади, высказав надежду на то, что после реконструкции, экспозиции обновленного комплекса станут местом притяжения для жителей Москвы и гостей столицы.
«Сегодня мы открываем замечательный Музей археологии Москвы, который, к сожалению, в 1997 году был создан с серьёзными технологическими нарушениями. Пришлось практически его реконструировать, восстанавливать инженерные коммуникации, сети, и теперь здесь самое современное музейное оборудование»,- сказал Сергей Собянин на открытии памятника культурного наследия в столице.